ظهرت بوادر انقسام داخل تحالف الاحزاب الإسلامية حول تحالفها لاستعداد الانتخابات البرلمانية القادمة خاصة بعد الاعلان عن الحكومة الجديدة وتجاهلهم في التشكيل الجديد باستثناء حقيبة البيئة لحزب النور. كانت جماعة الإخوان المسلمين قد بدأت في التحضير لعقد لقاءات بقيادات حزبي النور الذراع السياسي لجماعة الدعوة السلفية، وحزب البناء والتنمية، الذارع السياسي للجماعة الإسلامية، وذلك للتنسيق فيما بينهم بشأن خوض الانتخابات البرلمانية المقبلة للتصدي لتشكيل التحالف المدني الذي يضم عددا من القوي والأحزاب المدنية هي التجمع والكتلة المصرية والكرامة وحزب الدستور . وبعد اعلان الإخوان عن لقاء قريب سيجمع قيادات التيارات الإسلامية الثلاثة لتشكيل لجنة من حزب الحرية والعدالة تضم كلا من الدكتور محمد البلتاجي والدكتور حلمي الجزار والدكتور أسامة ياسين القياديين بالحزب لعقد المشاورات مع القوي والأحزاب الاخري لفرز المرشحين وإعداد قائمة بأسماء المرشحين. قررت الهيئة العليا لحزب النور في اجتماعها الأخيرأنه لا نية للدخول في أي مشاورات أو تنسيق أو أي تحالف مع قوي سياسية أخري، معللة ذلك بأن هناك قوي سياسية تتعامل مع الأخرين بشكل من التعالي في إشارة الي جماعة الإخوان المسلمين التي تهدف الي تهميش السلفيين بوجه عام حسب بيان الهيئة لأنهم يمثلون لها تحديا كبيرا داخل الشارع الإسلامي وأن النور أصبح قوي سياسية كبيرة يجب التعامل معها بكل احترام وتقديركما أن التحالف السابق خصم كثيرا من حصة النور في البرلمان لصالح البناء والتنمية والأصالة”. من جانبه، شكل حزب البناء والتنمية، الذارع السياسي للجماعة الإسلامية لجنة مكونة من قيادات بالمكتب السياسي للحزب لإعداد تقارير عن نواب الجماعة والحزب في الانتخابات السابقة وبيان الشخصيات التي سيتم الإبقاء عليها في الانتخابات المقبلة ومن سيتم استبعاده وتقديم قيادات أخري. وقال طارق الزمر، المتحدث الرسمي للجماعة الإسلامية وعضو المكتب السياسي للبناء والتنمية، في تصريحات صحفية له إن الحزب لم يحسم أمره حتي الآن من الدخول في تحالفات مع قوي سياسية أو خوض الانتخابات بمفرده، مشيرا إلي أن من تتحالف معه اليوم ربما لا يجب أن تتحالف معه غدا”، مؤكدا أن الجماعة “ستنافس بنسبة أكبر بكثير مما نافست عليه في الانتخابات السابقة.