حصلت "الوطن" على أسرار قرار الدكتور محمد مرسي، رئيس الجمهورية، بإقالة كل من اللواء مراد موافي رئيس جهاز المخابرات، واللواء حمدي بدين قائد الشرطة العسكرية، وقائد الحرس الجمهوري، وآخرين. وكشف مصدر رئاسي أن سبب إقالة اللواء نجيب محمد عبد السلام قائد قوات الحرس الجمهوري، واللواء أركان حرب حمدي بدين مدير إدارة الشرطة العسكرية، يرجع إلى سوء تنظيم وتأمين جنازة شهداء أحداث رفح، والذي حال دون مشاركة الرئيس فيها، وتعرض الدكتور هشام قنديل رئيس الوزراء للضرب، وكذلك الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح. وأضاف المصدر أن الرئيس يحاول أن يلفت الأنظار للتغييرات والإقالات التي قام بها عقب الحادث، ليواجه هجوم الرأي العام عليه، باعتباره رئيس الدولة ومسؤولا عن كل ما يدور داخلها، حيث أن قائد الحرس الجمهوري ومدير الشرطة العسكرية ليس لهما أية علاقة بالأحداث التي وقعت في سيناء. أما أسباب إقالة موافي فتقف خلفها التصريحات التي أدلى بها لجريدة "الوطن"، والتي أكد فيها أن الجهاز كانت لديه معلومات حول الهجوم الدامي الذي شنه مسلحون تابعون لما أسماه "جماعة تكفيرية" على نقطة أمنية تابعة للجيش في شبه جزيرة سيناء قرب الحدود مع إسرائيل. وأرجع موافي عدم تدخل المخابرات لمنع الحادث، رغم توفر المعلومات لديها، إلى عدم تصور أن يقتل المسلم أخاه المسلم ساعة الإفطار في رمضان. وأدى نشر تلك التصريحات إلى استياء بين المتابعين للأحداث، وطالبوا بمعاقبة ومحاسبة مسؤولى جهاز المخابرات. بعد ذلك بدأ الاشتباك بين الرئاسة والمخابرات، حيث نفى محمد جاد الله، مستشار رئيس الجمهورية للشؤون القانونية والدستورية، علم الدكتور محمد مرسي بما أعلنه اللواء مراد موافي رئيس جهاز المخابرات العامة. وقال جاد الله في تصريحاته "ما نُشر بشأن أحداث رفح على لسان اللواء مراد موافي لا تعلم مؤسسة الرئاسة به، ولم يعرضه موافي على رئيس الجمهورية خلال لقائه به عصر يوم الثلاثاء". وفور نشر تلك التصريحات النارية رد جهاز المخابرات العامة بأحد أندر بياناته، والذى أكد فيه أن جهاز المخابرات جهة جمع معلومات فقط وليس سلطة تنفيذية، مشيرا إلى أنه أرسل المعلومات التي لديه بخصوص الحادث الإرهابي الذي وقع في سيناء إلى صناع القرار والجهات المسؤولة، وبهذا ينتهي دور الجهاز. وأثارت تلك التصريحات انتباه مؤسسة الرئاسة، التي دعت لاجتماع لمجلس الدفاع الوطني بحضور المشير حسين طنطاوي رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، والفريق سامي عنان رئيس أركان القوات المسلحة، وقادة القوات المسلحة، ووزير الداخلية اللواء أحمد جمال الدين، ظهر اليوم الأربعاء، لبحث تصريحات اللواء مراد موافي والوضع الأمني في سيناء، لينتهي الاجتماع بإقالة اللواء مراد موافي رئيس جهاز المخابرات وإحالته للتقاعد، وتعيين محمد رأفت عبدالواحد قائما بأعمال رئيس المخابرات بدلا منه.