أعلنت الكنائس المصرية الثلاثة رفضها الكامل لتهجير الأقباط من رفح وخاصة أنها ليست الواقعة الأولي، وسبق تكرارها في أكثر من مكان آخر دون التصدي لها. عقد المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية اجتماعا برئاسة الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك لبحث أزمة تهجير بعض الأسر المسيحية من رفح بشمال سيناء بعد التعدي على صاحب محل وتلقى تلك الأسر لتهديدات من عناصر جهادية وتكفيرية بسيناء . وأصدرت الكنيسة بيانا هذا نصه: " تلقينا بأسف شديد تكرار حوادث تهجير الأقباط من بيوتهم ومحافظاتهم قسرا تارة وبتهديد تارة أخري.. إذ بدأت بواقعة التهجير في منطقة العامرية ثم امتدت إلي منطقة دهشور واليوم يتم بألم شديد بث الرعب والتهديد في نفوس أبنائنا الأقباط في رفح لتهجيرهم من أماكنهم وعلى الرغم من أن وسائل الإعلام نشرت عن هذه التجاوزات منذ أكثر من شهر إلا أن الأجهزة المسئولة لم تتخذ الإجراءات اللازمة نحو ما نشر ولم يتم توفير الأمن اللازم لهذه الأسر المصرية التي لها الحق ان تعيش في بيوتها آمنة . وإننا نعبر عن ألمنا الشديد واستنكارنا لعدم توفير الأمن لأبنائنا بل وكافة الأسر المصرية وحرمانهم من أبسط قواعد حقوق الإنسان ، لذلك نطالب الأجهزة المسئولة التصدي لهذه التصرفات التي تحاول إهدار سلطة الدولة واظهارها بما لا يليق نحو عدم قدرتها علي حماية أبنائها وهذا ما نرفضه.. ومن منطلق واجبنا الوطني نطالب بضرورة توفير الأمن لكافة المواطنين والحفاظ علي تأمين حدود وطننا العزيز . ومن ناحية أخرى رفض رئيس الطائفة الإنجيلية القس د. صفوت البياضى تهجير أقباط رفح خاصة بعد تهجير أهالى دهشور ، وقال إن مبدأ التهجير مرفوض جملة وتفصيلاً، ولم يحدث في تاريخ مصر من قبل حتى لو تم تسكين الأسرة فى قصر بدلا من الكوخ في مكان آخر، مؤكدا أنها ظاهرة خطيرة وتدل على ضعف الأمن وضعف الإدارة والأخطر عندما تكون على منطقة حدودية تتطلب حمايتها من أى غزو خارجى . وطالب وزير الداخلية باتخاذ التدابير اللازمة لحماية أقباط رفح خاصة وأنها منطقة حدودية بعيدة، وقال ان لم يكن هناك حل رادع سيتكرر ذلك في مناطق أخرى كالشيخ زويد أو حتى العريش وأماكن اخرى مؤكداً أن وزارة الداخلية من أهم مهامها حماية المواطنين. وتساءل البياضي قائلا هل رفح خارج نطاق الجمهورية و قال أين الحكومة والمحافظ وأجهزة الأمن ؟ ورفض إقحام الجيش الذى يشتبك بين الحين والآخر مع البؤر الإرهابية في التصدي لحملات التهجير قائلاً: وظيفة الجيش هى حماية الحدود، لكن حماية المواطنين مهمة وزارة الداخلية. وتساءل الأنبا يوحنا قلتة النائب البطريركي للأقباط الكاثوليك قائلا :"هل هذا الفعل هو بداية لتطهير البلاد من الأقباط بداية من الحدود المصرية في رفح أم بداية لإعلان استيلاء العناصر الجهادية على سيناء لاحتلالها ؟