قال سكرتير بابا الكنيسة الأرثوذكسية أنجليوس إسحاق ، إن الهدف من زيارة البابا تواضروس الثاني للفاتيكان هو تقديم التهنئة للبابا الجديد بمناسبة تجليسه والعمل علي التقارب بين كرسي الإسكندرية وكرسي الفاتيكان. ونفى أنجليوس إسحاق، خلال وجوده، الخميس 9 مايو ، بالمطار بصحبة البابا تواضروس الثاني قبل مغادرة الأخير إلى الفاتيكان، أن يكون من المقرر أن يتم خلال الزيارة إثارة مشكلات خاصة بالمسيحيين في مصر، مؤكدًا أن البابا يؤمن تماما بأن مشاكل أقباط (مسيحيي) مصر هي مشاكل داخلية خاصة. وأضاف "البابا وطني حتى النخاع، ولا يقبل أن تطرح مشاكلنا الداخلية في الخارج، ويدخل عنصر غريب في شأننا الداخلي، وأي شخص يحاول أن يتدخل أو يفرض نفسه يمنعه البابا بقوة". وغادر البابا تواضروس الثاني مطار القاهرة، الخميس 9 مايو ، متجهًا إلى الفاتيكان في أول زيارة خارجية له منذ اعتلائه الكرسي البابوي في شهر نوفمبر الماضي لتقديم التهنئة إلى فرانسيس الأول بابا الفاتيكان بمناسبة اعتلائه كرسي بابا روما. كما سيبحث الاثنان التعاون بين الفاتيكان (أعلى مرجعية للكاثوليك في العالم) والكنيسة القبطية الأرثوذكسية في زيارة تستغرق ستة أيام، وتشمل أيضا إيطاليا، بحسب مصادر كنيسة. وأضافت المصادر ذاتها بأن الزيارة لها أهداف أخرى هي: دعم الحوارات المسكونية (اللاهوتية) بين الكنيسة القبطية والفاتيكان، وتدشين أول كنيسة قبطية في الفاتيكان، والتوسط لتهدئة الأجواء المتوترة بين الفاتيكان والأزهر، إضافة إلى دعوة بابا الفاتيكان لزيارة مصر للمرة الأولى منذ تنصيبه. وشهدت العلاقة بين الأزهر والفاتيكان حالة من التوتر الشديد في عهد بابا الفاتيكان السابق بنديكت السادس عشر عام 2006 عندما ربط الأخير في إحدى محاضراته بين الإسلام والعنف؛ مما أثار استياء الأزهر. ثم أعلن مجمع البحوث الإسلامية - التابع للأزهر - في فبراير 2011 تجميد حوار الأديان بين الأزهر والفاتيكان، عقب تصريحات أخرى للبابا بشأن حادثة التفجير الذي استهدف كنيسة القديسين في مدينة الإسكندرية "شمال مصر"، والتي طالب فيها بحماية المسيحيين في مصر، وهو ما اعتبره الأزهر تدخلا غير مقبول في الشئون المصرية. وتعد زيارة تواضروس الثاني هي الأولى من نوعها منذ 40 عامًا، حيث كانت آخر زيارة قام بها بابا الكنيسة الأرثوذكسية المصرية للفاتيكان هي تلك التي قام بها البابا الراحل شنودة الثالث يوم 10 مايو 1973 حيث التقى مع بابا الفاتيكان الراحل بولس السادس.