ذكرت مصادر دبلوماسية أن القمة الإسلامية الثانية عشرة ستشهد برنامج عمل مكثف يتم خلاله مناقشة مستفيضة للقضايا المدرجة على جدول الأعمال. وصرح مصدر مسؤول أن الجلسة الافتتاحية للقمة الإسلامية الثانية عشرة تبدأ الأربعاء 5 فبراير في الساعة الثانية عشرة وخمسين الدقيقة بكلمة ترحيبية من الرئيس محمد مرسي. وقال المصدر إنه سيعقب ذلك كلمة لرئيس جمهورية السنغال رئيس القمة الحادية عشرة ثم انتخاب أعضاء المكتب التنفيذي للمنظمة ثم كلمة رئيس الدورة الحالية الرئيس محمد مرسي يعقبها كلمة الأمين العام لمنظمة التعاون الإسلامي . وأضاف أنه سيتم إلقاء ثلاث كلمات نيابة عن المجموعات الرئيسية بالمنظمة العربية والآسيوية والإفريقية ثم يتم رفع الجلسة. وفي جلسة العمل الأولى سيتم اعتماد مشروع جدول الأعمال وبرنامج العمل، وتقرير رؤساء اللجان الدائمة ، لجنة القدس ، اللجنة الدائمة للتعاون الاقتصادي والتجاري بمنظمة التعاون الإسلامي "كومسيك"، اللجنة الدائمة لشئون الإعلام والثقافة "كومياك"، واللجنة الدائمة للتعاون العلمي والتقني "كومستيك"، كما سيعرض على القادة تقرير اجتماع مجلس وزراء خارجية المنظمة التحضيري. وتناقش جلسة العمل الثانية بنود جدول الأعمال: "تحت شعار تحديات وفرص متنامية" والتي تتضمن حالات النزاع في العالم الإسلامي، والوضع الإنساني، ظاهرة الإسلاموفوبيا، تنمية التعاون العلمي بين الدول الأعضاء، تعزيز التعاون الثقافي والاجتماعي والإعلامي في العالم الإسلامي، وتعزيز التعاون الاقتصادي بين الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي. وتختتم أعمال اليوم الأول للقمة بعقد جلسة خاصة حول الاستيطان في الأراضي الفلسطينية المحتلة. وفي اليوم الثاني للقمة الخميس" 7 فبراير" ، تعقد جلسة العمل الثالثة التي يستأنف خلالها النقاش حول بقية بنود جدول الأعمال "تحديات جديدة وفرص متنامية" ، ثم جلستين رابعة وخامسة لاستئناف النقاش. وفي نهاية اليوم تعقد جلسة ختامية يتم اعتماد الوثائق الختامية خلالها ثم يختتم مؤتمر القمة الإسلامي بمؤتمر صحفي .