اشتعلت حرب التصريحات بين وزارة النقل من جهة, ورئيس أكاديمية النقل البحري الدكتور محمد فرغلي من جهة أخري عقب اعلان السيد عمرو موسي أمين عام جامعة الدول العربية المنتهية ولايته عن شغور منصب رئيس الأكاديمية في24 أكتوبر المقبل, وإصراره علي دعوة الدول العربية الأعضاء لترشيح رئيس جديد للأكاديمية رغم أن الجمعية العامة للأكاديمية, والممثلة في جميع وزراء النقل العرب اجتمعت في نوفمبر الماضي بحضور المهندس علاء فهمي وزير النقل السابق, وقررت بالإجماع التجديد للدكتور محمد فرغلي لفترة ثانية, تبدأ من24 أكتوبر2011. وفور الإعلان عن خلو المنصب بدأ التنسيق بين المهندس عاطف عبدالحميد وزير النقل والسيد عمرو موسي للبحث عن مرشح جديد تنطبق عليه المواصفات ليدخل المنافسة علي المنصب استنادا إلي أن تجديد تعيين الدكتور محمد فرغلي رئيسا للأكاديمية لفترة ثانية مخالف لقرار الجمعية العامة رقم8 ج غ ع/ج وقرار المجلس الاقتصادي في دورته العادية الثامنة والثمانين رقم1749 د ع82) والذي عقد في الفترة من2 وحتي5 مايو الماضي والقرارات المرتبطة به. وحول إصرار وزارة النقل علي تعيين رئيس جديد للأكاديمية, صرح أحمد عبدالباسط مدير الشئون القانونية بوزارة النقل بأن الوزارة تقدمت بمذكرة رسمية للنائب العام ونيابة الأموال العامة بالإسكندرية, وهذه المذكرة قيد التحقيقات حاليا للنظر فيما نسب إلي الدكتور محمد فرغلي رئيس الأكاديمية البحرية من الاستيلاء والإضرار العمدي بالمال العام.. وقد تم انتداب لجنة من النيابة العامة ونيابة الأموال العامة بالإسكندرية لفحص موضوع البلاغ المقدم من وزارة النقل ضد الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحري بشأن مشروع تطوير وإعادة إحياء معهد وردان التابع للسكة الحديد بجزء من المنحة الأمريكية التي تبلغ17.8 مليون دولار. وأضاف مدير الشئون القانونية بوزارة النقل أن الحكومة المصرية ممثلة في وزارة النقل تعترض علي المخالفات التي شابت إجراءات التجديد لرئيس الأكاديمية لفترة ثانية بالمخالفة لنظم وقواعد جامعة الدول العربية. من جانبه صرح الدكتور محمد فرغلي رئيس الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحري أنه يحترم شرعية وخصوصية التحقيقات الجارية في النيابة العامة حاليا والتي لم تنته بعد بشأن البلاغ المقدم من وزارة النقل ضد الأكاديمية, ولكن نتيجة لتعمد التشهير بالأكاديمية وبرئيسها في وسائل الإعلام بصورة لا تليق حول هذا الموضوع, مما يعد تدخلا سافرا في عمل المنظمات العربية وقوانينها المعمول بها علي أرض مصر, وكذلك توجيه اتهامات مباشرة رغم عدم انتهاء التحقيقات وعدم البت فيها بعد بالاستيلاء علي جزء من المنحة الأمريكية البالغة17.8 مليون دولار والمخصصة لتطوير معهد وردان التابع لهيئة السكك الحديد. أكد فرغلي أنه بصدد عقد مؤتمر صحفي عالمي خلال ساعات سوف يدعو إليه مختلف وسائل الإعلام المحلية والدولية ليقوم أمام الرأي العام بتفنيد كل الإدعاءات والإفتراءات التي تم نشرها خلال الفترة الماضية مدعمة بالمستندات الدالة علي صحة موقف الأكاديمية, وكشف أكاذيب ومزاعم وزارة النقل, علي حد قوله.