كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا في قضية تفجير الكنائس والمتهم فيها48 إرهابيا تورطوا في ارتكاب جرائم تفجير الكنائس الثلاث البطرسية بالعباسية والمرقسية بالإسكندرية ومارجرجس بالغربية والهجوم علي كمين النقب إلي القضاء العسكري عن عدد من المفاجآت. أهمها أعتراف المتهم رامي عبد الحميد في إقرار بخط يده بأن الإرهابي محمود شفيق منفذ حادث الكنيسة البطرسية هو عضو بولاية سيناء وتعرف عليه عن طريق المتهم حسين عامر وأنه حضر إليه لاستضافته في شقته وأقام عنده من يوم5 الي11 ديسمبر2016 وأرسل المتهم منفذ العملية الانتحارية له رسالة صباح يوم الأحد الموافق11 ديسمبر2016 قال له فيها شكرا علي حسن الاستضافة وألقاك في الجنة.وقالت تحقيقات النيابة التي أشرف عليها المستشار خالد ضياء الدين محامي عام أول نيابة أمن الدولة العليا وتولي فريق من أعضاء النيابة التحقيق فيها ضم كلا من إسلام حمد وأحمد عمران رئيسي النيابة وأحمد الضبع ومحمد جمال وأحمد الصاوي ومحمود حجاب ويحيي مروان وكلاء النيابة تحت إشراف المستشار محمد وجيه المحامي العام بالنيابة أن18 متهما بالقضية أقارب.وأقر المتهم وليد أبو المجد واسمه الحركي كريم بانضمامه لجماعة داعش التي تعتنق أفكارا تكفيرية تقوم علي تكفير الحاكم ووجوب قتاله وأفراد القوات المسلحة والشرطة واستهداف المنشآت العامة واستباحة دماء المسيحيين واستحلال أموالهم وممتلكاتهم ودور عبادتهم واعترف بتمويله تلك الجماعة بنقل أسلحة ومفرقعات ومهمات ومعلومات ومواد بقصد استخدامها في ارتكاب جرائم إرهابية كما اعترف بمهاجمته وآخرين الكنيسة البطرسية بالعباسية وتفجيرها وكمين النقب وقتل عدد من القائمين عليه وحيازته مفرقعات وأسلحة نارية وذخائر.وقال الإرهابي وليد أبو المجد إنه في غضون2014 أطلعه المتهم عبد الرحيم فتح الله زوج شقيقته علي إصدارات تلك الجماعة فاعتنق أفكارها وسافرا في فبراير2016 لمحافظة شمال سيناء للانضمام إلي جماعة ولاية سيناء التابعة لها, ولفشلهما في الوصول لأحد أعضائها,عزم علي السفر لدولة سوريا عبر المملكة العربية السعودية بعد أدائه فريضة الحج والالتحاق بتلك الجماعة هناك وأعلم المتهم مصطفي عثمان بذلك فأخبره الأخير بتواصله مع أحد أعضائها بسيناء, وأوصله بالمتهم بهاء الدين منصور مصطفي الذي ربطه بالمتهم عمرو سعد عباس ومكنيأبو أحمد فالتقي والمتهم عبد الرحيم فتح الله عبد الرحيم في غضون أكتوبر2016 بطريق قناالأقصر ودعاهما المتهم عمرو سعد عباس إبراهيم للانضمام لجماعة ولاية سيناء وانضما لإحدي خلاياها التي يتولي مسئوليتها المتهم عزت محمد واسمه الحركي منصور الدولي. واعترف بإعداده وأعضاء تلك الخلية عسكريا بمعسكر الخلية بمنطقة صحراوية بالقرب من الطريق الصحراوي الغربي بمحافظة سوهاج وأعدهم المتهم عمرو سعد عباس أمنيا بتكليفهم باتخاذ أسماء حركية, واستبدال شرائحهم الهاتفية بصفة دورية, والتواصل فيما بينهم عبر برنامج مؤمن تليجرام وبرسائل نصية مشفرة تلافيا للرصد الأمني.