رغم أن تعمير محافظة جنوبسيناء وتوطين السكان فيها ضرورة ملحة إلا أن المحافظة تعاني أزمة إسكان طاحنة وصلت فيها قوائم الانتظار إلي6 سنوات تقريبا. وأدت هذه الأزمة إلي تظاهر البدو وغيرهم من أبناء المحافظة للمطالبة بحقهم في الحصول علي وحدة سكنية ووصل الأمر لاقتحام البعض الوحدات تحت الإنشاء. وفي شهر مايو2007 تم عقد بروتوكول تعاون بين هيئة الأوقاف المصرية ومحافظة جنوبسيناء لإنشاء7000 وحدة سكنية تمت زيادتها إلي8200 وحدة بعد ذلك وخصصت المحافظة135 فدانا في مختلف المدن للبدء في المشروع وفي مارس2010 صدر قرار المجلس الشعبي المحلي للمحافظة بتخصيص الأرض المطلوبة, كما أصدر المحافظ اللواء محمد عبدالفضيل شوشة قرارا بتخصيص50 فدانا بطور سيناء لإنشاء3000 وحدة سكنية, و20 فدانا برأس سدر لإنشاء1500 وحدة سكنية, و10 أفدنة بنويبع لإنشاء1000 وحدة سكنية للشباب, و25 فدانا بطور سيناء لإنشاء1000 وحدة استثمارية, و12 فدانا برأس سدر لإنشاء500 وحدة استثمارية, والقرار247 لسنة2010 لإنشاء350 وحدة سكنية استثمارية بنويبع, و350 وحدة استثماري بأبو زنيم, كما أصدر المحافظ قرارا بتخصيص5000 متر مربع بطابا لإنشاء4 عمارات سكنية تضم60 وحدة. وبعد أن قامت هيئة الأوقاف بسداد كامل قيمة الأرض وهو مبلغ7 ملايين جنيه في شهر مايو2010 قامت بعمل جسات التربة إلا أن المشروع توقف فجأة حيث لم يتم توقيع عقود البيع الابتدائية بين المحافظة والهيئة بعدما أصرت المحافظة علي إشراف مديرية الإسكان علي أعمال هيئة الأوقاف وهو ما يعني حصول المحافظة والمديرية علي نسبة الإشراف وهي3% من قيمة الأعمال المقدر لها أن تبلغ مليار جنيه وبذلك تبلغ قيمة الإشراف نحو30 مليون جنيه. وقال شعبان زلط المنسق العام لمشروع هيئة الأوقاف في جنوبسيناء إن الأعمال التي تقوم بها الهيئة تتم بالتعاون مع المكاتب الاستشارية الكبري والتدخل يكون في المراجعة الفنية لجميع الاشتراطات البنائية من خلال مجالس المدن وليس مديرية الإسكان, علما بأن الهيئة تقوم بتنفيذ وتمويل تلك المشروعات من خلال مواردها الخاصة بها. وأضاف أن هناك نقطة خلاف ثانية وهي إصرار المحافظة علي أن تؤول جميع المباني الخدمية للمحافظة وهي الأسواق التجارية والمراكز التجارية والطابق الأرضي كلها رغم أن الأرض والمنشآت المقامة عليها ملك للهيئة. وقال جمال الحسيني من أهالي طور سيناء: علمنا أن المحافظ اعتمد خطة من وزارة الإسكان لإنشاء10 آلاف وحدة سكنية في مختلف المدن وهذا هو سبب إلغائه مشروع هيئة الأوقاف. وتساءل: لماذا لا يتم تنفيذ مشروع وزارة الإسكان وأيضا هيئة الأوقاف, فنحن في حاجة إلي جذب أعداد كبيرة من المواطنين وبدلا من إنشاء10 آلاف وحدة سكنية علي5 سنوات يتم إنشاء18 ألف وحدة خلال الفترة نفسها ولا أدري ما هو سبب تعنت المسئولين بالمحافظة. وطالب جمعة مبارك أحد المواطنين بتدخل الدكتور عصام شرف رئيس مجلس الوزراء لفض الاشتباك بين محافظة جنوبسيناء وهيئة الأوقاف لاستئناف المشروع وإعادة الأمل لأبناء سيناء في الحصول علي وحدة سكنية دون معاناة ولا قوائم انتظار.