اعتبرت صحيفة "نيويورك تايمز"، الأمريكية أن تعيين فايزة أبو النجا مستشارة للرئيس للأمن القومي بمثابة تصعيد لمسئولة معادية للولايات المتحدة لمنصب سياسي بارز، وأشارت إلي دورة أبو النجا في قضية المنظمات الأجنبية والتي أثيرت قبل عامين واتهم فيها مواطنون أمريكيون يعملون بمنظمات حقوقية بمصر. وقالت الصحيفة إن أبو النجا كانت السبب وراء تفجير أكبر أزمة دبلوماسية بين مصر وحليفتها واشنطن خلال 35 عامًا، والتي أدت بإبن أحد وزراء الحكومة الأمريكية للاختباء في مقر السفارة الأمريكية بالقاهرة لمدة أسبوع خوفًا من الاعتقال، وأدت بالرئيس أوباما إلي تهديد ومناشدة أعضاء المجلس العسكري بشكل شخصي وانتهت بدفع الولاياتالمتحدة 4.6 مليون دولار ككفالة لتسفير المواطنين الأمريكيين سرًا بطائرة خاصة إلي قبرص ومنها إلي الولاياتالمتحدة. ونقلت الصحيفة عن محللين قولهم إن عودة أبو النجا تشير إلي تجاهل حكومة السيسي لحليفتها واشنطن وكذلك نظرتها بريبة وشك إلي منظمات المجتمع المدني. وقال ميشيل وحيد حنا، الخبير في السئوت المصرية الأمريكية بمؤسسة سينشري البحثية الموجودة بنيويورك، إن حقيقة أن فايزة أبو النجا وجه معروف بهذا الشكل يجعل من هذه الخطوة، صفعة واضحة علي وجه الولاياتالمتحدة، لكن هذه هي الطريقة التي تعاملت بها هذه الحكومة مع الولاياتالمتحدة دومًا. وعلي الصعيد المحلي، قال حنا إن هذا التعيين بمثابة تأكيد لما يعرفه الخبراء عن هذه الحكومة حول منظورها لمنظمات المجتمع المدني وأن هناك احتمالاً بأن يتم سحق وإغلاق هذا القطاع كاملاً خلال الشهور المقبلة. وقادت أبو النجا حملة الاتهامات الموجهة لثلاثة منظمات حقوقية أمريكية غير ربحية بالقاهرة، مدعومة من الكونجرس لتعزيز الديمقراطية وهي المعهد الجمهوري الدولي، المعهد الديمقراطي، وفريدم هاوس، وداهمت الشرطة مقار المراكز الثلاث وصادرت أجهزة الكمبيوتر والملفات الموجودة بها، ووصعت جميع موظفيها تحت حظر السفر، متضمنين سام لحود، ابن وزير النقل الأمريكي راي لحود الذي اضطر للجوء مع اثنين آخرين للسفارة الأمريكية وبقوا بها خوفًا من الاعتقال. واتهم الادعاء العام بمصر موظفي المنظمات ومنهم عشرات المصريين أيضًا بتلقي تمويل غير مشروع من الخارج، واتهمت أبو النجا المنظمات في ثنايا القضية بالمشاركة في خطة للحكومة الأمريكية لإثارة الفوضي بالشوارع بمصر.
