كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا أن التنظيم الدولي للإخوان قام بتنفيذ أعمال عنف داخل مصر لاشاعة الفوضى العارمة بها، وأعد مخططًا إرهابيًا كان من ضمن بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية وهي حركة المقاومة الإسلامية "حماس" الذراع العسكري للتنظيم، وحزب الله اللبناني وثيق الصلة بالحرس الثوري الإيراني وتنظيمات أخرى داخل وخارج البلاد تعتنق الفكر التكفيرية المتطرفة. وكذا تهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية، وتدبير وسائل تسلل عناصر من جماعة الاخوان إلى قطاع غزة عبر الانفاق السرية بمساعدة عناصر حركة حماس لتلقي التدريب العسكري وفنون القتال واستخدام السلاح على يد عناصر من حزب الله اللبناني والحرس الثوري الإيراني، ثم إعادة تلك العناصر بالإضافة إلى آخرين ينتمون إلى تلك التنظيمات إلى داخل البلاد. وأظهرت التحقيقات أن المتهمين اتحدوا مع عناصر أخرى تابعة للجماعات التكفيرية المتواجدة بسيناء، لتنفيذ ما تم التدريب عليه، وتأهيل عناصر أخرى من الجماعة إعلاميا بتلقي دورات خارج البلاد في كيفية إطلاق الشائعات وتوجيه الرأي العام لخدمة أغراض التنظيم الدولي للإخوان، وفتح قنوات اتصال مع الغرب عن طريق دولتي قطر وتركيا. أوضحت التحقيقات أن التنظيم الدولي للإخوان وبعض البلاد الأجنبية دعموا قيادات جماعة الإخوان بمصر، بتحويل الأموال اللازمة لهم لتنفيذ المخطط الإجرامي وخلق الفوضى بالبلاد.. حيث بدأ ذلك المخطط عام 2005 واستكملت حلقاته إبان ثورة يناير 2011 لاستغلال الأحداث الجارية بالبلاد, إذ تم الاعتداء بالأسلحة النارية على قوات الأمن والمواطنين في أنحاء متفرقة إمعانا في تكريس حالة الفوضى، وإضرارا بالأمن القومي المصري. كما بينت التحقيقات أن المتهمين قاموا برصد المنشآت الأمنية بشمال سيناء، تمهيدا لفرض السيطرة عليها وإعلانها إمارة إسلامية في حالة عدم إعلان فوز المتهم محمد مرسي العياط في الانتخابات الرئاسية. وثبت بالتحقيقات أن المتهمين عصام الحداد وأحمد عبد العاطي ومحمد رفاعة الطهطاوي وأسعد الشيخه ومحي حامد خلال فترة عملهم برئاسة الجمهورية، قاموا بإفشاء العديد من التقارير السرية المخصصة للعرض على رئيس الجمهورية، بتسريبها لقيادات التنظيم الدولي بالخارج، قيادات الحرس الثوري الإيراني، وحركة حماس، وحزب الله اللبناني، كمكافأة على تنفيذ تلك العمليات الإرهابية، وما قدمته تلك التنظيمات من مساعدات لصالح جماعة الإخوان بمصر حتى تولت مقاليد السلطة. وجاء بالتحقيقات أن عددا من تلك التقارير السرية تم تسريبها عبر البريد الالكتروني الخاص برئاسة الجمهورية، وبعلم المتهم محمد مرسي، على نحو ترتب عليه الإضرار بالأمن القومي المصري. وأوضحت التحقيقات أنه في أعقاب عزل محمد مرسي من منصبه، وتغير المشهد السياسي، سارعت جماعة الإخوان المسلمين، وتلك العناصر الإرهابية الآنف بيانها، بتنفيذ تفجيرات واعتداءات ضد القوات المسلحة والشرطة بسيناء، بهدف إرهاب الشعب المصري، وإثارة الفوضى والنيل من استقلال البلاد وسلامة أراضيها ووحدة المواطنين، وإشعال الفتن الطائفية بينهم في سبيل إشعال الحرب الأهلية بمصر، قاصدين من وراء ذلك عودة الرئيس المعزول، وإعادة قبضة جماعة الإخوان على البلاد. كان فد أمر المستشار هشام بركات النائب العام بإحالة محمد مرسي رئيس الجمهورية السابق وعضو مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين، ومحمد بديع المرشد العام للجماعة، ونائبيه خيرت الشاطر ومحمود عزت، ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق، وكذلك محمد البلتاجي وعصام العريان وسعد الحسيني أعضاء مكتب الإرشاد، ومحمد رفاعة الطهطاوي الرئيس السابق لديوان رئاسة الجمهورية ونائبه أسعد الشيخه، وأحمد عبد العاطي مدير مكتب الرئيس السابق وعضو التنظيم الدولي للإخوان، و25 متهما آخرين من قيادات الجماعة وأعضاء التنظيم الدولي للإخوان، إلى محكمة الجنايات، لارتكابهم جرائم التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد.
