أثار قرار المجلس الأعلى للجامعات برئاسة الدكتور مصطفى مسعد، وزير التعليم العالى، بشأن التأكيد على حظر أى أنشطة حزبية وعدم السماح بها نهائيًا داخل الجامعة جدلًا بين الطلاب، خصوصًا مع إجراء الانتخابات فى معظم الجامعات المصرية. وأشار البعض أن القرار لم يأت بالجديد بخاصة أن المادة (320) من قانون تنظيم الجامعات تنص على: "أنه لا يجوز استخدام الشعارات الدينية أو الحزبية أو الفئوية في انتخابات أو أنشطة اتحادات الطلاب، كما لا يجوز التفرقة بين الطلاب بسبب الجنس أو الدين أو اللون"، بينما أكد البعض على أن القرار جاء بعد النتيجة السلبية غير المتوقعة للأسر الطلابية التى تنتمى إلى تيار الإخوان المسلمين، وأشاروا أن جيل الشباب داخل الجامعات هو جيل ثورة 25 يناير وأنه ليس من المنطقى حرمان هذا الجيل من ممارسة السياسة بكل جوانبها داخل الجامعة. ويؤكد صهيب عبد المقصود - المتحدث الرسمى باسم طلاب الإخوان المسلمين -أن القرار لا يمكن أن يكون موجها بسبب انخفاض شعبية الاخوان داخل الجامعات كما يردد البعض و ذلك لسببين أولهما أنه صادر من المجلس الأعلى للجامعات لشئون التعليم والطلاب وهو مشكل من نواب الجامعات لشئون التعليم والطلاب الذى لا يضم أى فرد من أعضاء الإخوان المسلمين، ثانيا أنه بواقع الأرقام التى حصدناها وعكس ما تروجه وسائل الاعلام هناك 5 جامعات حسمت لطلاب الإخوان وجامعات اخرى حصل الاخوان على اكثرية فيها، والأهم أن المنافس لطلاب الإخوان ليست القوى السياسية لكن الطلاب المستقلون وهو فى كل الأحوال مكسب أن يشارك الطالب المستقل ويساهم فى العمل السياسى الايجابى، بل إننا نافسنا على 50% من المقاعد فقط لتشجيع الطالب المستقل على المشاركة. ويقول صهيب: نؤيد العمل السياسى داخل الجامعات الذى يستهدف نشر الوعى السياسى لأن هذا واجب فى المرحلة الحالية والجريدة الطلابية التى أصدرها اتحاد طلاب مصر فيها ما يضمن هذه الممارسة السياسية داخل الجامعات. ويضيف صهيب أن الممارسة الحزبية التى تهدف إلى الوصول للسلطة ليس مكانها الجامعة إنما تمارسه الأحزاب خارج أسوار الجامعة وحجتنا فى هذا أن مرحلة الشباب تتسم دائما بالحماسة والاندفاع، وقد تؤدى إلى نزاعات مثلما حدث بالفعل لمجرد اختلاف فى الآراء و نقل الاستقطاب داخل الجامعة للتسويق لمرشحين أو عمل دعاية انتخابية فهو أمر غير مرجو. ويشير إلى أن توقيت القرار بحظر العمل الحزبى داخل الجامعة غير مفهوم بالنسبة لنا ولدينا إشكالية تجاهه وكنا نتمنى أن يتأجل حتى يتضح للطلاب الفرق بين الممارسة الحزبية والسياسية وحتى تمكن اللائحة الطلابية الجديدة الطلاب من الممارسة السياسية الحرة داخل الجامعات تضرب بها المثل للقوى السياسية خارج الجامعات، ويشير أن الطلاب أساسا رافضون لفكرة العمل الحزبى داخل الجامعة وغير موجود أما المواقف العامة يتم التعبير عنها من خلال بيانات.