تقدمت النقابة العامة للعاملين بالسكة الحديد والنقابة المستقلة الى الدكتور محمد مرسى بمذكرة تحوى مقترحات لتطوير الهيئة وإيجاد الحلول الواقعية لما تعانيه من اهمال وفساد عشش فى أرجائها منذ سنوات عديدة، وذلك اعتمادا على مواردها الذاتية وسواعد ابنائها..تضمنت المذكرة الكثير من المقترحات منها: إلغاء الهيكلة حيث إنها دمرت مرفق السكة الحديد وقطاع البضائع بالهيئة. وتطوير قطاع البضائع مركزيا والاستفادة من أسطول عربات البضائع بالهيئة. والاستخدام الامثل للورش المملوكة للهيئة. مع تطوير جميع المحطات الرئيسية والفرعية والمزلقانات والأبراج والإشارات وذلك دون ان تتحمل الهيئة أى تكاليف عن طريق مناقصة عامة لشركات دولية فى إطار برنامج معين ومحدد المدة Bot والاستفادة من شركات الإعلانات العالمية. وعدم تطوير المزلقانات إلكترونيا خاصة فى المناطق الريفية والصعيد لانتشار الأمية.وإجراء صيانة دورية لجميع الكبارى بكل المحافظات. بالإضافة إلى مراجعة جميع خطوط السكة الحديد حيث تلاحظ هبوط بعض المسافات التى تحتاج إلى اعمال صيانة. ومراجعة عربات الحريق والقطارات حيث إن معظمها لا يعمل وغير صالحة للعمل. وضرورة النظر فى القطاع الاستثمارى بالشركات التابعة للهيئة حيث إن تلك الشركات حتى الآن فى خسارة مستمرة ولم تدر للهيئة الإيرادات المطلوبة لتطوير هذا المرفق. وإعادة النظر فى عقود عدد من الوزارات التى تتعامل مع السكة الحديد وغيرها من مجاملات قيادات الهيئة التى تؤثر بالسلب على إيرادات الهيئة. وتخصيص عربات مميزة ومطورة تطويرا جيدا للعمل على رحلات مباشرة للإسكندرية وكذلك خط الصعيد وذلك لزيادة الإيرادات. وعمل عمرة للجرارالإسبانى مع زيادة أربع عربات ركاب لخدمة الأماكن المزدحمة بالسكان. وتعديل الجرارات الGE بالنسبة لمحور الارتكاز والعيوب التى تم التعامل معها من قبل، وتطوير وتحديث جميع ورش السكك الحديدية مركزيا حتى يتم تصنيع قطع الغيار كما كان يحدث سابقا لمنع الشراء بالأمر المباشر او غيره مما يوفر على الهيئة ملايين الجنيهات. بالإضافة إلى إنشاء ورشة نموذجية لتجهيز القطارات بها قبل السفر وبعد الوصول. مع استغلال معهد تدريب "وردان" فى إعداد الكوادر الفنية والإدارية بالهيئة وإعداد دورات تدريبية لطوائف التشغيل وكذلك السائقين للحد من الكوارث المتكررة. وإلغاء التعاقد مع شركة إيرماس لأعمال الصيانة والعمرات للجرارات والعربات حيث انها تكلف الهيئة ملايين الجنيهات وقبل ذلك كانت الهيئة تقوم بتلك العمرات بأقل بكثير جدا مما تقوم به هذه الشركة مما يعد إهدارا للمال العام. ومراجعة جميع النواحى المالية وحوافز القيادات التى تزيد على 150 ألف جنيه شهرى فى حين يحصل العامل على الفتات، ومراجعة جميع عقود شركة الأراضى والمدة المحددة لحق الانتفاع وتعديلها ومراجعتها قانونيا مما سيرد الى الهيئة مليارات الجنيهات.إنشاء أسطول من عربات الليموزين لخدمة المسافرين وتسديد أقساطها من الإيرادات حتى لا تكلف الهيئة مليما واحدا أو عمل مزايدة بين شركات السياحة لحق الانتفاع. وأخيرا ضرورة وجود قنوات اتصال مباشرة بين العاملين بالهيئة ووزير النقل..