أوصى مؤتمر "العلاقات المصرية السودانية فى ضوء الظروف الراهنة بالسودان" الذى عقده معهد البحوث والدراسات الإفريقية بجامعة القاهرة بضرورة تعزيز التعاون والعمل المشترك. وذلك بين مصر والسودان سواء شمالاً أوجنوباً، وفتح حوار بين النخب المصرية والسودانية من أجل البحث عن صيغة إستراتيجية للتعاون المشترك، والعمل من أجل التوصل إلى تسوية سلمية بدارفور. وناقش المؤتمر الذى شارك فيه باحثون وخبراء وسياسيون مصريون وسودانيون تداعيات الإستفتاء المقرر بجنوب السودان على جنوب السودان وشماله ومصر وأفريقيا ،ومايمكن إتخاذه من تدابير فردية وجماعية للحيلولة دون العودة للحرب الأهلية أو الإنزلاق لمحاور إقليمية ،وأكد على أهمية وحدة السودان مع إحترام خيار أبناء جنوب السودان فى تقرير مصيرهم ،وعلى أهمية إجراء الإستفتاء فى أجواء حرة ونزيهة ليعبر عن رغبة أهل الجنوب ،ولتجنب أية نزاعات عقب إعلان نتائج الإستفتاء. وأكد ت توصيات المؤتمر بضرورة تعاون مصر مع شريكى الحكم فى السودان لحل المشكلات العالقة ،وأهمها أبيى والبترول والحدود والمياه والجنسية ،وأهمية قيام مشاريع إقتصادية مشتركة بين مصر والسودان شمالا وجنوبا ،وخاصة فى مجال الأمن الغذائى،وضرورة أن تبادر مصر بالقيام بدور فعال لمعالجة المشاكل الناتجة عن الإستفتاء وحدة أو إنفصالا ،وخاصة فى الفترة الإنتقالية ،وأن تكون اللجنة العليا المشتركة بين مصر والسودان لجنة ثلاثية تمتد إلى جنوب السودان فى حالة الإنفصال ،وأن يتعزز التعاون بآليات أخرى حكومية وشعبية. كما أكدت ضرورة إستمرار التعاون الثقافى المشترك مع السودان شمالا وجنوبا مع إحترام التعدديات والخصوصيات والإستمرار فى تطوير التعليم وبناء القدرات البشرية القادرة على تنمية الجنوب،وضرورة تعاون شمال السودان ومصر فى إقامة بنية أساسية متطورة فى جنوب السودان ،بمايربط مصر بكل من الجنوب والشمال ،وخاصة فى مجال الطرق والنقل النهرى والطاقة الكهربائية ،والتعاون فى مجال مياه النيل،والعمل على أن يكون جنوب السودان فى المستقبل جسرا بين العالم العربى وأفريقيا ،دعما فى إتجاه الوحدة الأفريقية وتفعيل التعاون العربى الأفريقى.
