فى أثناء إعداد الوجبات الغذائية يحدث التلوث غير المباشر للأغذية فى المطبخ نتيجة انتقال البكتيريا المرضية من مصدر غذائى ملوث إلى غذاء آخر غير ملوث خاصة إذا كان المصدر الأول طعاماً نيئا لم يطبخ ولم يتعرض لدرجات حرارة عالية لقتل البكتيريا فى حين يكون الغذاء المصاب طعاماً معدآ للأكل وينتج عن ذلك تكاثر البكتيريا المنقولة على الغذاء المعد للأكل مما ينتج عنه حدوث تسمم غذائى للإنسان. د. عاصم أنور أبوعرب رئيس الجمعية المصرية لسلامة الغذاء يؤكد أنه يجب فى هذه الحالات مراعاة غسل اليد جيداً قبل ملامسة الطعام وعدم ملامسة أى مصدر للبكتيريا كالشعر والأنف والفم فى أثناء إعداد الطعام، وكذا ترتيب الأطعمة فى الثلاجة بفصل الأطعمة النيئة عن المطبوخة، فالأغذية المطهية توضع فى الرف العلوي، والأغذية التى تؤكل من غير طهى كالسلطة توضع فى الرف الأوسط ،أما الأطعمة النيئة كاللحوم والأسماك فتوضع فى الرف السفلى حتى لا تتساقط سوائلها الملوثة بالبكتيريا على الأطعمة التى تؤكل من غير طهي. كما يجب غسل كل أدوات الطبخ ولوح تقطيع الغذاء جيداً بالماء الدافئ والصابون، وعند تذوق الطعام أثناء الطبخ بالملعقة يجب غسل الملعقة جيدا قبل وضعها مرة أخرى فى إناء الطبخ، مع استخدام القفازات لتوفير الحماية للأغذية، لتجنب تلامس الأيدى مع الغذاء فى أثناء الإعداد والطهى . إزالة الدهون وأضاف أنه فى حالة اللحوم المشوية يجب عدم تعريضها للحرارة العالية فى أثناء الشواء حتى لا يتولد عنها مركبات الهيدروكربونات نتيجة للحرق غير الكامل للمواد العضوية وهى مجموعة المركبات المسببة للسرطان. لذلك يجب تتبيل اللحم قبل الشواء بخلطة من الملح والفلفل والبهارات والكمون والروزمارى والبصل، لأن هذه الإضافات تثبط من تكوين المركبات الضارة فى اللحوم. كما يراعى نزع الجلد عن الدجاج وإزالة الدهون من اللحوم لأن سقوط الدهن على النار خلال الشواء يبعث دخانا يحتوى على مواد مسرطنة تترسب على اللحوم. كما يفضل عند الشى تقطيع اللحوم إلى قطع صغيرة حتى تنضج بسرعة. ويراعى عدم استعمال الملاعق والسكاكين نفسها للحوم والدواجن النيئة والمشوية إلا بعد غسلها. ولا يتم إخراج كمية اللحم اللازمة للشواء من الثلاجة دفعة واحدة بل تترك فى الثلاجة للمحافظة على برودتها ويؤخذ فى كل مرة الكمية المناسبة للشواء حتى تنتهى كل الكمية. ولتسريع الشواء تسوى نصف تسوية بالميكروويف أو الفرن ثم يستكمل الشى على الفحم. غسل الخضراوات وأشار إلى زيادة الغسيل للخضراوات والفاكهة لإزالة بعض الملوثات الناتجة عن المبيدات الزراعية ويتم ذلك بغمرها فى محاليل حامضية لمدة 10 دقائق ومن أكثر الأحماض شيوعا هو (الخل) ويمكن لربة المنزل إضافة 2-3 ملاعق كبيرة فى ماء النقع ثم الشطف بالماء العادى لإزالة آثار الحمض وهذه المعاملة تخفض من تركيز الملوثات بنسبة كبيرة. كما أن التقشير له دور فعال فى إزالة جزء كبير من الملوثات بأن يكون التقشير جائراً. لذلك يجب التخلى عن عادة استخدام قشور بعض الثمار فى عمل المربات والمخللات والمشروبات مثل قشور البرتقال واليوسفى واللارنج. ومن الأفضل حفظ بعض الأغذية بالتجميد فى (-10) مئوية مما يؤدى لخفض محتواها من الملوثات ويزداد هذا الانخفاض بزيادة مدة التجميد وعلى ذلك فإنه يمكن حفظ بعض الأغذية التى لا تتأثر قيمتها الغذائية بالتجميد لتقليل نسب الملوثات بها. وتعتبر المعاملة الحرارية للخضراوات واللحوم من الطرق المهمة للتخلص من متبقيات الملوثات بنسبة كبيرة .