قرر برجوليو الولوج في السلك الكنسي وله من العمر 21 عامًا، فانضمّ إلى الرهبنة اليسوعية في 11 مارس 1958، ودرس العلوم الإنسانية واللاهوتية في سانتياغو في تشيلي، وأشهر نذوره الرهبانية في 12 مارس 1960، ليغدو بذلك عضوًا رسميًا عاملاً في الرهبنة. بعد إنهاء دراساته الأولى في تشيلي، عاد إلى الأرجنتين ليتابع دراساته في الفلسفة واللاهوت في المعهد الإكليركي في ديفيتو فيلا ثم في جامعة سان ماكسيمو دي مغيل والتي حصل منها على البكالوريوس، وتابع دراساته في الأدب وعلم النفس بين عامي 1964 - 1965 في جامعة ديلا أنماكيولادا في سانتا في، وتخرج منها. في عام 1967 أنهى برجوليو دراسته اللاهوتية، وسيم كاهنًا في 13 ديسمبر 1969، من قبل رئيس الأساقفة خوسيه كاستيانوا. أصبح البابا أستاذًا في اللاهوت، ودرّس في كلية الفلسفة واللاهوت في جامعة سان ميغل في مدينة بيونس آيرس، بداية كمحاضر مبتدئ ومن ثمّ كأستاذ في اللاهوت؛ وكان قد أقام المحطة الأخيرة للتدريب الروحي للرهبان الجدد حسب قواعد الرهبنة اليسوعية في إسبانيا، ومكث فيها حتى اختياره رئيسًا إقليميًا للرهبنة اليسوعية في الأرجنتين. اختير برجوليو بمنصب الرئيس الإقليمي للرهبنة اليسوعية في الأرجنتين بدءًا من 22 أبريل 1973، واستمرّ في شغل المنصب حتى 1979 في نهاية ولايته. خلال رئاسته الرهبنة الإقليمية، علّم البابا وحاضر في عدد من المحافظاتالأرجنتينية، وبعد نهاية ولايته عاد إلى التدريس في جامعة سان ميغل وغدا عميد المعهد اللاهوتي في سان ميغيل، وعمل في هذا المنصب حتى عام 1986، حين انتقل إلى فرانكفورت في ألمانيا للإشراف على أطروحة الدكتوراه فيها بطلب من الرهبنة اليسوعية، وحين عودته عيّن المدير والمعرّف الروحي في جامعة مدينة قرطبة الأرجنتينيه في حين ساهمت فترة دراسته في ألمانيا على تقوية العمل الرعوي لديه وكذلك الروحانية المريمية. في عام 1992 اختاره البابا يوحنا بولس الثاني ليكون أسقفًا مساعدًا لرئيس أساقفة بيونس آيرس الكاردينال أنطونيو كاراكينو. في 3 يونيو 1997، عيّن برجوليو القائم بالأعمال الفعلي لأبرشية بيونس آيرس مع حق الخلافة التلقائية بعد تقدم رئيس أساقفتها في السن وتعثر صحته، وسرعان ما توفي في 28 فبراير 1998 ما فسح في المجال أمام برجوليو ليغدو خليفته في رئاسة أساقفة المدينة بعد شغور منصب رئيس الأساقفة، واحتفل بتنصيبه الرسمي في 6 نوفمبر 1998 وجمعت إلى مهامه مهمة الإشراف على الكنائس الكاثوليكية الشرقية، وقد صدر كلا التفويضان عن البابا يوحنا بولس الثاني. اشتهر الكاردينال بورجوليو، بالتواضع، والمنافحة عن العدالة الاجتماعية، والمحافظة في شؤون العقيدة. ساهم نمط حياته ككاردينال في تكريس صورته كمتواضع، إذ اكتفى بالعيش في شقته الصغيرة بدلاً من مقر رئاسة الأساقفة الفخم، وتخلى عن سيارة الليموزين مع سائق شخصي، واكتفى بوسائل النقل العامه كانت مرحلة رئاسته لأبرشية بيونس آيرس، إصلاحية وهامة، فاستحدث البابا عددًا من المضافات والمباني الكنسية والمكاتب الإدارية والإرشادية، وعرف بكونه «رجل منفتح، يتقبل كل الآراء، ويدعم الحوار، ويسعى لتحقيق العدالة الاجتماعية».، ووفقًا لصحيفة هيرالد الكاثوليكية، خلف بيرجيلو «انطباع إيجابي كرجل يقبل التواصل والحوار» بعد وفاة البابا يوحنا بولس الثاني، اعتبر برجوليو واحدًا من الكرادلة ذوي الحظوظ الكبرى لخلافته في المجمع المغلق 2005، وقد نشرت تقارير صحفية، أنّ برجوليو حصل على ثاني أكبر عدد من الأصوات بعد جوزيف راتزنجر. وبنتيجة ذلك، طلب الكاردينال برجوليو، ممن انتخبه عدم التصويت له، ما ساهم في فوز جوزيف راتزنجر باسم البابا بندكت السادس عشر. كان برجوليو من المشاركين في جنازة البابا يوحنا بولس الثاني، وأحد أعضاء مجمع الكرادلة البارزين في إدارة مرحلة شغور الكرسي الرسولي بعد انتخاب البابا بندكت السادس عشر، انتخب برجوليو عضوًا في مجلس الأساقفة في أعقاب سينودس الأساقفة لعام 2005. في 8 نوفمبر 2005 انتخب رئيسًا للمؤتمر الأسقفي الأرجنتيني في ولاية تستمر ثلاث سنوات بين 2005 - 2008 ثم أعيد انتخابه بالأغلبية الساحقة من أساقفة الأرجنتين، وبعيد إعادة انتخابه انتخب أيضًا رئيسًا للجامعات الحبرية الكاثوليكية في الأرجنتين.
