الدكتور عبد المنعم البسيوني، الأستاذ المتفرغ بكلية الهندسة، رئيس جامعة المنيا الأسبق، يؤكد أنه يوجد العديد من السلبيات بالمستشفيات الجامعية، إما بسبب قلة الإمكانات، أو ضعف الإدارة، أو عدم الوجود المباشر للأساتذة الكبار. ويقترح لتطوير المستشفيات الجامعية النقاط التالية: أولا: تحويل المستشفيات إلى مراكز تخصصية لتكون وحدات مصغرة تقل فيها المشاكل الإدارية. ثانيًا: تفعيل نظام التفرغ الذى بدأته جامعة المنصورة حتى لا يكون الاعتماد على المدرسين المساعدين والمدرسين. ثالثًا: ضرورة ميكنة المستشفيات حتى يمكن وضع سجل للمرضى يوضح به حالته وعلاجه، ومن ثَمَّ يمكن تلافى الأخطاء والاستفادة من الحالات الخاصة فى تجارب العلاج, خاصة أنه لا يتم اعتماد أى كلية طب قبل ميكنة مستشفياتها لدى هيئة ضمان الجودة والاعتماد. رابعًا: أن يكون جزء من عناصر تقييم أعضاء هيئة التدريس الإكلينيكيين عند الترقية مرتبطًا بالعمل الفعلى بالمستشفيات خامسًا: ضرورة التدريب المستمر والمتكامل لهيئة التمريض ولا يسمح بإجازات للتمريض أكثر من سبع سنوات وإلا يفقد وظيفته نظرًا لأنهم يفضلون العمل بالعيادات والمستشفيات الخاصة أو الإعارة سعياً وراء الأجر الأعلى. سادسًا: ضرورة الربط بين كليات الطب والمستشفيات الجامعية ومديريات الصحة مع التعاون الصادق والمستمر. سابعا: ضرورة زيادة ميزانيات المستشفيات الجامعية مع دعمها ودعم المستشفيات التخصصية من وزارة الصحة لقيامها بدور أساسى فى العلاج.