أمر النائب العام المستشار هشام بركات باحالة رفاعة الطهطاوى رئيس ديوان رئيس الجمهورية ابان حكم الرئيس المعزول محمد مرسي، وآخرين، إلى محكمة الجنايات، بتهمة استغلال منصبه، وإصدار قرار بتعيين أحد العناصر الإرهابية الخطيرة بمؤسسة رئاسة الجمهورية بالمخالفة للقانون. وكانت النيابة قد استمعت، إلى شهادات موظفى رئاسة الجمهورية، وعاينت المستندات المضبوطة التى تثبت تورط المتهم فى ارتكاب جرائم الفساد. وكشفت التحقيقات، أن رفاعة الطهطاوى باعتباره أحد كوادر جماعة الإخوان الإرهابية، كان على صلة بالمتهم الثانى ويدعى السيد رفاعى أحمد 44 سنة «محامي» وهو من العناصر الإرهابية الخطرة، وسبق اتهامها فى القضية المعروفة إعلاميا بحرق نوادى الفيديو، وصدر بحقه عدة أحكام جنائية وعقوبة الأشغال الشاقة لمدة 15 عاما، التى نفذت بالفعل. وتوصلت التحقيقات إلى أن المتهم رفاعة الطهطاوي، استغل منصبة وأصدر تعليمات بتعيين المتهم الثانى فى مؤسسة الرئاسة، رغم اعتراض مساعد رئيس الديوان برئاسة الجمهورية، إلا أن المتهم أصر وأصدر قرارا رسميا بحكم منصبة بتعيين الإرهابي.