اعتبر عدد من السياسيين والمنظمات الحقوقية الاعتداءات التي قامت بها جماعة الإخوان المسلمين وأنصارها, علي الكنائس والممتلكات الخاصة بالأقباط, محاولة لجر البلاد الي فتنة طائفية وإحداث فوضي. واصباغ الصراع السياسي بعدا طائفيا لتفتيت الجبهة الشعبية. كما اعتبروا ما يحدث هو مخطط أمريكي بالتواطؤ مع جماعة الإخوان, في محاولة لإيجاد باب خلفي للتدخل في مصر بدعوي وجود اضطهاد للمسيحيين, وأكدوا أن هذه المحاولات الخبيثة فطن لها الأقباط, رافضين أي تدخل في شئونهم وأنهم علي استعداد للتضحية بأنفسهم من أجل الوطن. وقال عبدالغفار شكر رئيس حزب التحالف الشعبي الاشتراكي, ان الاعتداء علي الكنائس هو محاولة من جماعة الإخوان المسلمين والجماعات الإسلامية لإصباغ الصراع السياسي بعدا طائفيا لتفتيت الجبهة الشعبية, وايجاد وضع مختلف يسمح لهم بالانحراف بالصراع عن حقيقته باعتباره عملية ارهابية من جانبهم, ونبه الي أن القيادات المسيحية أثبتت وعيها بهذا الهدف, وأكدت أنها جزء من الشعب المصري ولن يسمحوا لهؤلاء المخربين أن يحققوا أغراضهم. واعتبر حسام الدين علي الأمين العام المساعد لحزب المؤتمر, إن هذه الممارسات محاولة لجر البلاد لفتنة طائفية وحرب أهلية, مؤكدا أن أقباط مصر جزء من نسيج الوطن ولن تنجح الجماعة في قطع هذا النسيج. وأدان ناجي الشهابي رئيس حزب الجيل الاعتداءات التي تمت علي الكنائس, مؤكدا أن ذلك كان مخططا له من قبل جماعة الاخوان المسلمين, التي تسعي لاحداث فوضي مشابهة لاحداث ما بعد52 يناير بغرض إحداث فتنة طائفية, مشيرا الي موقف الكنيسة المصرية المشرف بانتباهها لهذا المخطط, ورفض الدعوات للاستقواء بالخارج وأن يراق دم أي مصري في حماية المنشآت. وأكد الحزب المصري الديمقراطي, أن استهداف المنشآت الدينية والممتلكات الخاصة للأقباط, من قبل جماعة الاخوان المسلمين, يوضح مدي الإجرام الذي انزلقت إليه قيادات الجماعة وعدم ترددها في الزج بالبلاد الي عنف طائفي كثمن لخروجها من السلطة. وقال نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان, ان محاولة اشعال فتنة طائفية في مصر والوقيعة بين المسلمين والأقباط هو مخطط أمريكي تنفذه جماعة الاخوان, حتي يشعر الأقباط بأنهم معرضون للخطر. وأكد الأب يوحنا قلتة نائب بطريرك الكاثوليك, أن ما تقوم به جماعة الاخوان من افعال حرق وتخريب الوطن بجميع مؤسساته وكنائسه هي الورقة الأخيرة لديهم لحرق مصر, وتمزيق المجتمع المصري, مشيرا الي رفض محاولات تقسيم النسيج الوطني, مشيدا بقيام المسلمين بحماية الكنائس ومنازل الأقباط في المنيا وسوهاج وهو ما يعبر عن تلاحم النسيج الوطني. ودعا صفوت البياضي رئيس الكنيسة الإنجيلية, الي ضرورة تغيير الخطاب الديني وتوعية حقيقية للشباب, من خلال المساجد والكنائس, لأن ما يحدث يدل علي الجهل والمرض العقلي, مطالبا جماعة الاخوان المسلمين بأن يستمعوا الي شيخ الأزهر الشريف والبعد عن العنف.
