حالة من التذمر تعيشها الجامعات المصرية في الوقت الراهن, بسبب قرارالمجلس الاعلي للجامعات الخاص بتقارير الأداء التي ترسل إلي الوزارة وربطها ببدل الجامعة وفقا للضوابط المرتبطة بقرار وزارة المالية. والتي وصفها اعضاء هيئة التدريس بالتعدي علي استقلال الجامعة, بالاضافة إلي قضية اخري خاصة بالعاملين وهي عدم قدرة الكثير من الجامعات علي صرف حوافز العاملين من الموارد الذاتيه بداية من العام المالي الجديد. الدكتور خالد سمير رئيس نقابة تدريس عين شمس قال ان هذا البدل يعد جزءا من الراتب الشهري الذي يتقاضاه عضو هيئة التدريس من وزارة المالية وفقا للقانون وهناك العديد من الحركات الجامعية اصدرت بيانات تدعو فيها اساتذة الجامعات إلي عدم الاستجابة لخطاب وزير التعليم العالي الذي يتضمن- من وجهة نظرهم- بعض المطالب غير القانونية والتي تعد اهدارا لمبدأ استقلال الجامعات المنصوص علية في( المادة59) من الدستور ومحاولة للنيل من كرامة اعضاء هيئة التدريس, ودعوة رؤساء الاقسام الي الالتزام بالقانون وعدم نقل تقارير الاداء الفنية الشخصية الخاصة بأعضاء هيئة التدريس إلي خارج الأقسام العلمية, ودعوة كل القيادات الجامعية بدءا من رؤساء الاقسام وانتهاء برؤساء الجامعات للحفاظ علي سلطاتهم التي كفلها لهم القانون والتصدي لمحاولات التعدي عليها. وطالب الدكتور هاني الحسيني المتحدث باسم حركة9 مارس وزير التعليم العالي باستعادة حقوق الجامعات التي سلبتها وزارة المالية منها بخصم20% من الصناديق الخاصة بالجامعات.