فوائد الأعشاب لا حصر لها، لكن أي شئ إذا زاد عن حده انقلب لضده، لذا الإفراط في تناول الأعشاب على المدي الطويل له أثار جانبية وأهمها النزيف وسيولة الدم بعض الأعشاب لها تأثير مضاد للتجلط مثل: البابونج، الثوم ، الزنجبيل، الجنكة، الجنسنج . ينصح بتجنب تناول الأعشاب لمن يعانون من سيولة الدم أو يتناولون أدوية مضادة للتجلط حتي لا تتفاعل معها، ومن الأعشاب التي ترفع من ضغط الدم مثل : الجنسنج ، العرقسوس، و بالتالي يجب استشارة الطبيب قبل تناول الأعشاب لمرضي ارتفاع ضغط الدم . هناك أيضا نبات الزعرور ، يقلل من ضغط الدم ، لذا لا يجب تناوله مع أدوية التى تقلل من ارتفاع ضغط الدم أيضاً حتي لا تحدث مضاعفات، كما أن بعض الأعشاب تسبب اضطرابات للمعدة والجهاز الهضمي ، مثل : نبات القشرة المقدسة، الثوم ، الجنكة ، نبات الراوند، عشبة القديسين أو عشبة سانت جون، ويعد الحل عند تناول هذه الأعشاب أن تكون بعد الأكل لتجنب اضطرابات المعدة. وتتسبب بعض الأعشاب تحتوي علي مواد تتسبب في الإسهال مثل : الفلفل الأحمر ، نبات النرجس ، الشاي الأخضر و فول الصويا، وأيضا عشبة الجنكة لها أثر على الأدوية المضادة للصرع والتشنجات ، مما قد يؤدي لمضاعفات، كما تحدث اضطرابات القلب من نبات الزعرور ، نبات السنا، و نبات الصبار وهذا يحدث عند تفاعلهم مع أدوية علاج القلب. ويحدث نقص البوتاسيوم لعدة أسباب منها : تناول نبات القشرة المقدسة مع الأدوية مدرة البول التى تحتوي على مادة Thiazide وتناول نبات الصبار مع أدوية الكورتيزون وأيضا تناول العرقسوس والبقدونس على المدي الطويل، كما الحساسية للضوء هي أحد الآثار الجانبية لاستخدام عشبة سانت جون على المدي الطويل ويعتبر الاستخدام الموضعي لبعض زيوت الأعشاب لعلاج التهابات الجلد مثل زيت شجرة الشاي وزيت اللافندر، قد تسبب حساسية لذا قبل استخدام أي مستحضر عشبي على الجلد يجب عمل اختبار حساسية للتأكد من عدم وجود حساسية لهذا النوع. وتؤثر الأعشاب التي تعالج القلق و الاكتئاب إلى زيادة في فترات النوم عن الطبيعي والخمول، مثل : البابونج ، نبات الناردين، نبات الكافا.
